به گزارش روابط عمومی بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران، این شیوه‌نامه در 3 مرحله تدوین شده که به شرح ذیل است:
مرحله اول: سازمان مسکن و شهرسازي
1 - دريافت تقاضاي متقاضي به همراه مدارک ذيل:
*معرفي‌نامه اداره کل تعاون
*تصوير پروانه ساختماني
* نقشه‌هاي اجرايي طرح
* تصوير سند مالکيت يا قرارداد واگذاري زمين يا سند اجاره بلند‌مدت (اعم از زمين دولتي يا اوقافي)
* ارائه تصوير پذيرش واگذاري حق جانشيني به بانک توسط سازمان اوقاف و امور خيريه (درصورت اوقافي بودن زمين)
مدارک شرکت تعاوني: تصوير اساسنامه ممهور به مهر اداره ثبت، آگهي ثبت شرکت تعاوني، آگهي آخرين تغييرات و فهرست اسامي واجدين شرايط با مشخصات کامل
در گروه‌هاي چندخانوار نياز به ارائه مدارک ثبتي شرکت تعاوني نيست و صرفا مدارک شناسايي شناسنامه و کارت ملي) دريافت خواهد شد.
2 - تاييد مشخصات طرح و تطبيق زيربناي واحدها در چارچوب ضوابط و مقررات مربوطه و تصويب طرح.
3 - بررسي، تاييد و تکميل مدارک و رفع موانع احتمالي توسط کميته اشاره شده در بند 3 شيوه‌نامه پرداخت تسهيلات آماده‌سازي
مرحله دوم: بانک
1 -دريافت معرفي‌نامه اداره کل تعاون و مدارک موضوع بند 1 مرحله اول ارسالي از سوي سازمان مسکن و شهرسازي.
2 - بانک حداکثر 15 روز پس از دريافت مدارک کامل ضمن بررسي و درصورت تاييد نسبت به انعقاد قرارداد
با سازنده اقدام و درصورت عدم موافقت مراتب را ضمن ذکر دلايل به سازمان مسکن و شهرسازي استان (عنداللزوم جهت طرح در کميته اشاره شده در بند 3 شيوه‌نامه پرداخت تسهيلات آماده‌سازي)
  مرحله اول: پرداخت 30درصد تسهيلات (بعد از پايان فونداسيون)
  مرحله دوم: پرداخت 30درصد تسهيلات (پس از اجراي سقف آخر)
  مرحله سوم: پرداخت 40درصد تسهيلات (پايان مرحله سفت‌کاري)
تبصره: بديهي است قبل از پرداخت مرحله آخر تسهيلات به متقاضي، طرح ‌بايد از پيشرفت لازم برخوردار باشد تا با پرداخت 40درصد سهم بانک طرح به اتمام برسد؛ در غير اين صورت کسري سهم‌الشرکه متقاضي مي‌بايد به حساب مشترک واريز شود.
3 - پايان عمليات ساختماني و اخذ پايان کار توسط شرکت تعاوني يا گروه‌هاي چند خانواري.
4 - اخذ صورت مجلس تفکيکي توسط شرکت تعاوني يا گروه‌هاي چندخانواري و ارائه آن به بانک به‌انضمام پايان کار.
5 - محاسبه قيمت فروش نقدي سهم‌الشرکه بانک (مجموع تسهيلات آماده‌سازي (درصورت وجود) و ساخت) و سود دوران مشارکت.
6 - نحوه محاسبه و پرداخت يارانه از سوي وزارت مسکن و شهرسازي به شرح ذيل مي‌باشد: الف- زمان پرداخت يارانه پايان دوره مشارکت مدني و قبل از تبديل قرارداد مشارکت مدني به فروش اقساطي است.
ب- پس از محاسبه سود دوره مشارکت به سرجمع اصل تسهيلات پرداختي ميزان يارانه پرداختي از سوي وزارت مسکن و شهرسازي از کل مبلغ کسر و مانده سهم‌الشرکه بانک به فروش اقساطي تبديل مي‌شود.
7 - اقدام لازم جهت اخذ يارانه محاسبه شده از وزارت مسکن و شهرسازي.
8 - انعقاد قرارداد فروش اقساطي سهم‌الشرکه بانک با اعضاي شرکت تعاوني يا گروه‌هاي چندخانواري (حداکثر 15ساله) براساس نرخ مصوب شوراي پول و اعتبار، پس از دريافت صورت مجلس تفکيکي و صدور سند اعياني و ترهين آن.
مرحله سوم: بانک مرکزي جمهوري اسلامي ايران
1 - نظارت بر عملکرد بانک‌ها درخصوص پرداخت تسهيلات.
2 - فراهم کردن زمينه تامين منابع موردنياز جهت طرح‌هاي مسکن مهر درصورت لزوم.
3 - دريافت عملکرد بانک‌ها در ارتباط با طرح مسکن مهر با همکاري وزارت تعاون – وزارت مسکن و شهرسازي و بانک‌ها و ارائه آن به مراجع ذي صلاح.
4 - برگزاري جلسات مستمر جهت رفع موانع و مشکلات طرح مهر با مشارکت نمايندگان بانک‌ مرکزي، بانک‌ها، وزارت مسکن و شهرسازي و وزارت تعاون.